医药信息工程学院实验中心成立于2004年，目前共拥有广州、中山、云浮三个校区24个实验室，总面积近4000平方米，可同时为1500名师生提供服务，实验室配备了品牌PC、云终端、云服务器、网络设施、医学传感器、嵌入式开发平台和数字信号处理等实验设备，共计1600余台，总价值800多万元。支撑全校3个校区2万多人（本科生和研究生）的计算机公共基础课程、学院专业课程的实践教学及学生创新创业活动。每学年平均承担全校70门实验、实训课程以及学生创新实验项目。2014年被广东药学院评为校级示范实验中心，2017年获评广东省实验教学示范中心。

中心建立了一支由30多名医药信息和信息技术的专业人员组成的，专职与兼职相结合，结构合理，教学和科研相互贯通的实验教学队伍。中心实行校、院两级管理和主任负责制的管理模式。以培养具有创新精神和实践能力的高素质复合型的医药信息人才为宗旨，积极探索适应经济与社会发展的人才培养模式。围绕培养“厚基础、宽口径、高素质、强能力” 人才的中心目标，积极开展一系列的实验教学研究与改革，对医药信息实验教学课程体系、教学内容、教学模式、教学方法和手段进行系统的研究与改革实践。本中心根据应用型、创新性人才的培养要求，以学生的实际情况为依据，对实验教学体系进行了综合的考虑和设计，构建了“两大平台、四个层次”的实验教学体系。其中“两大平台”一个是实验实践课程教学平台，另一个是第二课堂应用与创新平台，两个大平台实现资源整合和共享。“四个层次”是根据知识的内在关系，从验证型实验到综合型实验，再到设计型实验，创新型实验，逐级深入和提高。在教学体系、实验内容和实验模式等方面形成了自己的显著特色。这些研究与改革实践取得了良好的教学效果，先后获得多项省部级和校级表彰奖励。主编“十一五”规划教材，全国高等医药院校计算机规划教材，实验教材和讲义数十部。通过实验中心平台，学生的创新精神和实践能力不断加强，医药信息工程学院本科生在数学建模、挑战杯、全国文科程序设计大赛等竞赛中获得了多项丰硕成果，获得省级及以上奖项110余项